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扩增子测序(16S、18S、ITS)

扩增子测序是指利用二代/三代测序平台,对16S rDNA/18S rDNA/ITS等特定区段的 PCR 产物进行高通量测序。

扩增子测序是利用高通量测序技术对16S rDNA/18S rDNA/ITS等特定区段的PCR产物进行测序,获得环境、人体等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境、宿主的相关性等信息。


服务简介

扩增子测序是指利用二代/三代测序平台,对16S rDNA/18S rDNA/ITS等特定区段的 PCR 产物进行高通量测序。突破传统培养法仅能检测可培养微生物(占环境微生物 1% 以下)的局限,获得土壤、水体等环境,以及人体、动物等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与宿主的相关性等信息


检测指标

类别

指标

测序平台

扩增子测序

可以做土壤/水体/粪便/肠道内容物等等

16S rDNA

二代测序,约 50%样本可鉴定至属水平

18S rDNA(真核微生物,主要为原生动物、原生植物、藻类等)

ITS(真菌)

古菌(16S单独分析)

放线菌(16S单独分析)

16S rDNA

三代测序,90%以上都能到种水平

18S rDNA(真核微生物,主要为原生动物、原生植物、藻类等)

ITS(真菌)


样品采集、处理、运输

 样本类型

 建议送样量

 最低送样量

 土壤/污泥/沉积物/腐殖质

 3-5g

 1g

 水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径3-4cm)

 2-3 张

 1 张

 拭子

 3-5 个

 1个

 瘤胃液/发酵液/组织液(离心后有明显沉淀)

 3-5mL

 1mL

 粪便/肠道内容物

 3-5g

 1g

 动物/人组织

 1-3g

 1g

 血浆

 3-5mL

 1mL

组织样本(如动物组织、植物组织)建议取样后立即液氮速冻 3-5min,-80°C长期保存,干冰运输送样。其它样本类型及运输条件请与实验室沟通。


部分结果展示

群落Heatmap图

注:横坐标为样本名,纵坐标为物种名,用一定颜色梯度表示物种所占比例的大小,图中右侧为颜色梯度代表的数值。



 

Alpha多样性指数组间T检验箱式图

注:此图展示所选两组样本间的显著性差异情况,并对有显著性差异的两组标记(0.01 < P ≤ 0.05标记为*,0.001 < P ≤ 0.01标记为**,P ≤ 0.001标记为***)。横坐标为分组名,纵坐标为每组的指数平均值。



 

群落柱形图

注:横坐标为样本名,纵坐标为物种在该样本中所占的⽐例,不同颜色的柱子代表不同的物种,柱子的长短代表该物种所占比例的大小。



 

PCA分析图

注:X轴和Y轴表示两个选定的主成分轴,百分比表示主成分对样本组成差异的解释度值;X轴和Y轴的刻度是相对距离,无实际意义;不同颜色或形状的点代表不同分组的样本,两样本点越接近,表明两样本物种组成越相似;如果选择了环境因子,环境因子中的分类型会被显示成点,环境因子的数量型会被显示成向量;分类型环境因⼦点到样本点的距离可以表示样本受到该环境因子的影响大小;样本点到数量型环境因⼦向量的投影的距离表示样本受该环境因子影响大小;图表工具中选择Z轴可展示3D-PCA图。



扩增子测序(16S、18S、ITS)
扩增子测序是指利用二代/三代测序平台,对16S rDNA/18S rDNA/ITS等特定区段的 PCR 产物进行高通量测序。
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